Les meilleurs logiciels de comptabilité en 2025

Découvrez les meilleurs logiciels de comptabilité pour les petites entreprises en 2025.

Bien qu'il existe une multitude de logiciels de comptabilité pour les petites entreprises, choisir l'outil adéquat pour gérer vos besoins de comptabilité en ligne peut s'avérer difficile. Avec des fonctionnalités similaires, mais des prix variés, il est facile pour les entrepreneurs de se tromper dans le choix de leur outil comptable.

Changer de logiciel de comptabilité peut sembler plus contraignant que nécessaire, un excellent exemple de coûts irrécupérables, ce qui rend le choix du bon outil dès le départ d'autant plus crucial.

Découvrez ci-dessous les meilleurs logiciels de comptabilité pour petites entreprises en 2024, les avantages et inconvénients de chacun, afin de vous aider à décider lequel est le plus adapté à vos besoins.

Les 7 meilleurs logiciels de comptabilité pour les petites entreprises

Logiciel	Avantage	Prix	Essai gratuit	Intégration Shopify
FreshBooks	Support client	À partir de 19 €/mois	30 jours	Oui
Wave	Logiciel de comptabilité gratuit	Gratuit	n/a	Non
Zoho Books	Logiciel de comptabilité mobile	Gratuit	14 jours	Oui
Sage 50cloud	Pour la personnalisation	À partir de 24 €/mois	30 jours	Non
Kashoo	Pour l'automatisation des flux de travail	⁓300 €/an	14 jours	Non
OneUp	Pour la gestion des stocks	À partir de 12 €/mois	7 jours	Non
Xero	Pour les entreprises en croissance	À partir de 15 €/mois	30 jours	Oui

1. FreshBooks

Meilleur logiciel de comptabilité pour son support client

Source : FreshBooks

Un des logiciels de comptabilité pour petites entreprises les plus populaires et connus aujourd'hui est FreshBooks.

Le logiciel de comptabilité de FreshBooks intègre des technologies intelligentes et l'automatisation des tâches administratives conçues pour réduire la saisie manuelle des données et faciliter la comptabilité. Par exemple, FreshBooks peut être configuré pour réconcilier automatiquement les montants crédités et débités et est capable d’importer des données financières de diverses sources.

Les utilisateurs peuvent facilement accéder à des états financiers importants tels que :

• Le bilan
• Les comptes de résultat
• Les tableaux de flux de trésorerie

Les utilisateurs peuvent également ajuster les autorisations d'accès de manière individuelle. Par exemple, les employés peuvent avoir un accès limité aux rapports financiers, tandis que les comptables peuvent bénéficier de privilèges d'administrateur supplémentaires.

Avantages :

• Support client très apprécié
• Fonctionnalités de suivi du temps et du kilométrage incluses dans tous les plans
• Large éventail de fonctionnalités de comptabilité en ligne

Inconvénients :

• Nombre limité d'utilisateurs et de clients
• Les plans les moins chers n'offrent ni réconciliation bancaire ni accès pour les comptables
• Pas d'estimations fiscales trimestrielles

Disponible pour : Application web (logiciel basé sur le cloud)

Application mobile : Android, iOS

Prix : Les plans commencent à 19,00 € par mois pour le plan lite

Durée de l'essai gratuit : 30 jours

Application ou intégration Shopify : Oui

2. Wave

Meilleur logiciel de comptabilité gratuit

Source : Auteur

Beaucoup des logiciels de comptabilité pour petites entreprises de cette liste sont peu coûteux. Mais pour les entreprises récentes avec peu de liquidités, toute dépense supplémentaire peut être problématique. Wave, un outil de comptabilité conçu pour les petites entreprises, comprend ce problème. C'est pourquoi il est entièrement gratuit.

Disponible pour Windows et OS X, avec des applications Android et iOS pour la facturation et les reçus, Wave est idéal pour les entreprises indépendantes qui cherchent encore leurs repères. Wave Accounting peut faire presque tout ce que les outils de comptabilité premium peuvent faire, y compris la gestion des dépenses, la réconciliation bancaire et la facturation.

Si tout cela vous semble trop beau pour être vrai, inscrivez-vous, créez un compte gratuit et découvrez comment Wave peut vous aider à gérer les comptes de votre entreprise rapidement, le tout sans débourser un centime.

Avantages :

• Gratuit
• Rapports de comptabilité en partie double
• Utilisateurs illimités avec contrôle sur les permissions
• Création illimitée de factures avec des modèles personnalisables
• Application mobile de comptabilité et de facturation

Inconvénients :

• Pas de support téléphonique. Chat en direct uniquement disponible pour les options payantes (Wave Payments et Payroll)
• Pas d'options de comptabilité avancées
• Fonctionnalités comme la capture illimitée de reçus numériques uniquement disponibles sur le plan Pro Plus

Disponible pour : Application web (cloud)

Application mobile : Android, iOS

Prix : Plan de démarrage : gratuit, Plan Pro : 16 € par mois

Durée de l'essai gratuit : n/a

Application ou intégration Shopify : Non

3. Zoho Books

Meilleur logiciel de comptabilité mobile

Zoho Books est un logiciel de comptabilité en ligne avec des fonctions de comptes fournisseurs, de comptes clients et de gestion des stocks. Le logiciel de facturation est extrêmement rapide et son logiciel de comptabilité offre de nombreuses fonctionnalités à un bon prix. Zoho Books est une excellente alternative à des options plus coûteuses et peut toujours répondre à tous vos besoins commerciaux.

Avantages :

• La plupart des tâches comptables sont réalisables via l'application mobile
• Version gratuite assez puissante du logiciel
• Plus abordable que des logiciels de comptabilité similaires
• Capacités multidevises dans les plans Elite et Ultimate

Inconvénients :

• Payant pour des fonctionnalités avancées comme le suivi de projet et l'automatisation des flux de travail
• Pas de possibilité de suivre les actifs fixes comme l'immobilier, les terrains ou l'équipement
• Nombre limité d'utilisateurs par niveau

Disponible pour : Application web (cloud)

Application mobile : Android et iOS

Prix : Gratuit pour les entreprises générant moins de 50 000 € de revenus par an ; les plans payants commencent à 12 €/mois facturés annuellement.

Durée de l'essai gratuit : 14 jours

Application ou intégration Shopify : Oui

4. Sage 50cloud

Meilleur logiciel de comptabilité en termes de personnalisation

Source : Sage 50cloud

Sage 50cloud Accounting propose un logiciel de comptabilité complet basé sur le cloud pour les petites entreprises, avec d'importantes options de personnalisation et des fonctionnalités avancées.

Le plan Essentials de Sage 50cloud, l'option la moins chère, s'adresse aux petites entreprises indépendantes. Il peut gérer une gamme de tâches, y compris la gestion des dépenses, des enregistrements comptables, la facturation et le suivi des stocks. Sage 50cloud Comptabilité s'intègre également parfaitement avec Microsoft Office.

Les autres plans de Sage offrent des fonctionnalités avancées supplémentaires, telles que des privilèges de sécurité basés sur les rôles et la gestion de comptes pour plusieurs entreprises, mais peuvent être prohibitifs pour les petites entreprises avec des budgets plus modestes.

Avantages :

• De nombreuses options de personnalisation pour répondre à vos besoins
• Outils pour gérer et suivre les stocks
• Intégration avec Microsoft 365

Inconvénients :

• Pas d'application mobile
• Interface utilisateur peu intuitive
• Le suivi du temps n'est inclus dans aucun plan

Disponible pour : Application web (cloud), intégration Microsoft 365

Application mobile : Non

Prix : Les plans commencent à 24 €/mois

Durée de l'essai gratuit : 30 jours

Application ou intégration Shopify : Non

5. Kashoo

Meilleur logiciel de comptabilité pour l'automatisation des flux de travail

Source : Kashoo

Kashoo vise à aider les entrepreneurs à automatiser une grande partie du travail administratif lié à la comptabilité.

Grâce à des algorithmes d'apprentissage automatique, Kashoo comprend mieux votre entreprise au fur et à mesure de son utilisation. Tout, de la catégorisation des reçus au suivi des taxes, est analysé par Kashoo, ce qui permet à l'outil de faire des recommandations personnalisées sur les étapes à suivre pour économiser de l'argent, minimiser le gaspillage et optimiser l'efficacité globale.

L'approche intelligente et automatisée de Kashoo en matière de comptabilité ne conviendra pas à tout le monde. Les entrepreneurs intéressés par son approche de la comptabilité peuvent s'inscrire pour un essai gratuit.

Avantages :

• Facile à utiliser
• Nombre illimité d'utilisateurs
• Excellent support client
• Automatisation de nombreux processus administratifs

Inconvénients :

• Relativement peu d'options d'intégration
• Manque de fonctionnalités comme le suivi du temps et la gestion des stocks

Disponible pour : Application web (cloud)

Application mobile : iOS

Prix : 324 $ (⁓300 €)/par an

Durée de l'essai gratuit : 14 jours

Application ou intégration Shopify : Non

6. OneUp

Meilleur logiciel de comptabilité pour la gestion des stocks

Comme Kashoo, OneUp vise à simplifier la comptabilité en automatisant les tâches routinières.

Au fil du temps, OneUp "apprend" comment fonctionne votre comptabilité en analysant les entrées, telles que les transactions de compte bancaire. OneUp invite ensuite l'utilisateur à valider les réconciliations suggérées d'un simple glissement sur un appareil mobile. Ces validations entraînent davantage les algorithmes de OneUp pour offrir des suggestions plus précises à l'avenir. OneUp peut également faire correspondre les transactions bancaires individuelles avec des factures en retard, économisant ainsi encore plus de temps aux entrepreneurs.

Avantages :

• Excellent module de gestion des stocks
• Processus de configuration simple
• Fonctionnalité CRM intégrée
• Intègre les informations bancaires pour une comptabilité automatique

Inconvénients :

• Pas de fonctionnalités de paie
• Coûteux pour les entreprises avec une équipe importante (plan utilisateur illimité à 169 €/mois)
• Pas de fonctionnalités de suivi du temps

Disponible pour : Application web (cloud)

Application mobile : Android

Prix : Les plans commencent à 12 € par mois facturés annuellement.

Durée de l'essai gratuit : 7 jours

Application ou intégration Shopify : Non

7. Xero

Meilleur outil de comptabilité pour les entreprises en croissance

Pour les entrepreneurs constamment en déplacement, Xero pourrait bien être l'outil de comptabilité qu'ils attendaient.

Xero est un logiciel de comptabilité intelligent destiné aux petites entreprises, mettant l'accent sur la facilité d'utilisation et l'utilité mobile. Xero peut être synchronisé sur plusieurs appareils et offre aux utilisateurs des mises à jour en temps réel, fournissant aux entrepreneurs les dernières informations où qu'ils soient.

Le produit dispose d'une interface utilisateur claire et intuitive et peut gérer une gamme de tâches comptables, y compris la paie (via une intégration avec Gusto), le suivi des dépenses, la facturation et le calcul de la TVA, ainsi que d’autres fonctionnalités.

Avantages :

• Utilisateurs illimités pour tous les plans
• Hubdoc inclus dans tous les plans (capture automatique des reçus et factures)
• Peut gérer les actifs fixes
• Suivi de projet efficace

Inconvénients :

• Pas de rappels automatiques pour les factures impayées
• Pas de support téléphonique

Disponible pour : Application web (cloud)

Application mobile : Android, iOS

Prix : Les plans commencent à 15 € par mois

Durée de l'essai gratuit : 30 jours

Application ou intégration Shopify : Oui ; intégrations tierces disponibles

Pour en savoir plus : Comptabilité pour start-up : comment faire en 2024 ?

Une comptabilité précise pour de meilleures performances

Aucune entreprise ne se ressemble et une solution comptable qui fonctionne bien pour une entreprise peut ne pas convenir du tout à une autre.

Bien qu'il existe de grandes similitudes entre les logiciels de comptabilité pour petites entreprises mentionnés ci-dessus, vous seul pouvez décider quel outil est adapté à votre entreprise.

Certaines entreprises peuvent considérer que des fonctionnalités de reporting sophistiquées sont essentielles, tandis que d'autres peuvent privilégier la réconciliation automatisée. Avant d'investir dans un nouveau logiciel de comptabilité, profitez de quelques essais gratuits avant de prendre une décision.

FAQ sur les logiciels de comptabilité

Quel logiciel de comptabilité est utile pour les petites entreprises ?

Bien que le logiciel de comptabilité que vous choisirez dépendra des besoins individuels de votre petite entreprise, nous vous recommandons de sélectionner un des logiciels de comptabilité basés sur le cloud de la liste ci-dessus.

Quel logiciel de comptabilité utilisent la plupart des petites entreprises ?

La plupart des petites entreprises ont besoin d'un bon logiciel de comptabilité, d'un logiciel de gestion documentaire et d'un logiciel CRM. Il est préférable de trouver un logiciel complet capable d'effectuer ces trois fonctions, ou de s'intégrer parfaitement avec les plateformes existantes.

Quel logiciel de comptabilité est le moins cher ?

Le logiciel de comptabilité de Wave est entièrement gratuit. Cependant, avant d'opter pour un logiciel de comptabilité gratuit comme Wave, assurez-vous qu'il dispose de toutes les fonctionnalités dont vous avez besoin pour votre entreprise.